Apoptoza ali programirana celična smrt je poglavitni mehanizem, ki ga uporabljajo večcelični mehanizmi za odstranjevanje odvečnih, okuženih in potencialno nevarnih celic. Motnje pri regulaciji apoptoze so ključnega pomena pri številnih obolenjih in patoloških stanjih organizma. Ugotovljeno je bilo, da imajo pri tem apoptozi eno glavnih vlog cisteinske proteaze, imenovane kaspaze. Kaspaze, ki se nahajajo v vseh celicah v neaktivni prekurzorski obliki, se po sprejemu proapoptotičnega signala aktivirajo in sprožijo izvršitveno fazo apoptoze, tako da inaktivirajo proteine, pomembne za preživetje celice in aktivirajo proteine, ki sodelujejo pri destrukciji celice. Vedno več pa je dokazov, da pri apoptozi sodelujejo tudi druge proteaze. Med njimi so zelo pomembne lizosomske proteaze, ki so tudi predmet naših raziskav.