Vsako leto ob koncu marca ob obletnici rojstva Jožefa Stefana organizira Institut "Jožef Stefan" Stefanove dneve. Namen te tradicionalne prireditve je počastitev spomina na slavnega slovenskega fizika in popularizacija znanosti. V okviru teh dnevov podeljuje institut zlate znake Jožefa Stefana za odmevna doktorska dela s področja naravoslovno-matematičnih, tehniških, medicinskih in biotehniških ved.

Vsako leto podeli institut največ tri nagrade zlati znak Jožefa Stefana. Nagrade podeljuje Odbor za zlati znak Jožefa Stefana, ki ga sestavljajo ugledni raziskovalci SAZU, slovenskih univerz in inštitutov. Odbor odloča o izbiri kandidatov za podelitev zlatega znaka Jožefa Stefana na podlagi javnega razpisa.